Identifikasi Isolat Bakteri Endofit B2 dan B3 dari Akar Tanaman Ubi Jalar Berdasarkan Sekuens 16S rDNA

HILDA ZUMRONA, Yuliani Yuliani, Lisa Lisdiana

Abstract


Isolat bakteri endofit B2 dan B3 merupakan bakteri endofit yang dapat menghasilkan hormon Indole Acetic Acid (IAA) yang diisolasi dari akar tanaman ubi jalar varietas Papua Patippi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi isolat bakteri tersebut sampai tingkat spesies berdasarkan sekuens 16S rDNA dan mengetahui urutan basa yang lestari dan beragam dari sekuens 16S rDNA bakteri uji. Teknik identifikasi yang digunakan dalam penelitian ini adalah analisis sekuens 16S rDNA. Metode penelitian yang digunakan meliputi isolasi DNA dengan menggunakan metode CTAB/NaCl yang dimodifikasi, visualisasi DNA dengan elektroforesis gel agarose, amplifikasi sekuens 16S rDNA dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR), serta sekuensing. Identifikasi dilakukan berdasarkan indeks similaritas sekuens 16S rDNA bakteri uji dengan sekuens 16S rDNA strain acuan yang diperoleh dari GenBank NCBI. Suatu isolat bakteri digolongkan dalam satu spesies jika memiliki indeks similaritas sekuens 16S rDNA sebesar ≥ 99% dengan sekuens acuan di GenBank. Hasil penelitian menunjukkan bahwa isolat B2 teridentifikasi sebagai Bacillus thuringiensis (JN628977) dengan indeks similaritas sebesar 100% dan jumlah basa nukleotida yang beragam sebesar 0 dari 1432, dan isolat B3 teridentifikasi sebagai Bacillus cereus JSYM 28 (HQ844479) dengan indeks similaritas sebesar 100% dan jumlah basa nukleotida yang beragam sebesar 0 dari 1415.


Keywords


bakteri endofit penghasil IAA; identifikasi; sekuens 16S rDNA

Full Text: PDF

Refbacks

  • There are currently no refbacks.